画面描画にはフレームバッファを使用しています（11/6の記事参照）。
最終的に画面に出すフレームバッファはテクスチャとして描画していますので、カラーを設定することができます。
このフレームバッファ描画時のカラーを変更することによって、画面のフェードイン・フェードアウトを実装してみます。


Renderer.h

        static GLubyte  screen_color[4*4];                                      // 画面描画カラー
        static int              fade_bright;                                            // 画面の明るさ
        static int              fade_speed;                                                     // フェードの速さ

クラス sys::Rendererの静的メンバ変数です。
固定だったカラーバッファを変更できるようにしています。

        static void             fade_in(int _cnt = 500/FRAME_PERIOD)            // フェードイン
                                        {
                                                fade_speed = (_cnt > 0) ? (254 + _cnt)/_cnt : 255;
                                        }
        static void             fade_out(int _cnt = 500/FRAME_PERIOD)           // フェードアウト
                                        {
                                                fade_speed = (_cnt > 0) ? -(254 + _cnt)/_cnt : -255;
                                        }
        static int              get_bright(void)                                                        // 画面明るさ取得
                                        {
                                                return  fade_bright;
                                        }

フェードイン・フェードアウトの関数です。
フェード時間をフレーム数単位で指定します。


Renderer.cpp

/********************
    描画（後処理）
 ********************/
void    Renderer::draw(void)
{
        if ( fade_speed > 0 ) {                               // フェードイン
                fade_bright += fade_speed;
                if ( fade_bright >= 255 ) {
                        fade_bright     = 255;
                        fade_speed      = 0;
                }
                for (int i = 0; i < 4*3; i++) {
                        screen_color[i + i/3] = (GLubyte)fade_bright;
                }
        }
        else if ( fade_speed < 0 ) {          // フェードアウト
                fade_bright += fade_speed;
                if ( fade_bright <= 0 ) {
                        fade_bright     = 0;
                        fade_speed      = 0;
                }
                for (int i = 0; i < 4*3; i++) {
                        screen_color[i + i/3] = (GLubyte)fade_bright;
                }
        }


        static const
        GLfloat _projection[4*4] =
                        {
                                1.0f, 0.0f, 0.0f, 0.0f,
                                0.0f, 1.0f, 0.0f, 0.0f,
                                0.0f, 0.0f, 1.0f, 0.0f,
                                0.0f, 0.0f, 0.0f, 1.0f,
                        };

        static const
        GLfloat _texcoords[] =
                        {
                                0.0f, 0.0f,
                                1.0f, 0.0f,
                                0.0f, 1.0f,
                                1.0f, 1.0f
                        };

        static const
        GLfloat _vertices[] =
                        {
                                -1.0f, -1.0f,
                                 1.0f, -1.0f,
                                -1.0f,  1.0f,
                                 1.0f,  1.0f,
                        };

        ShaderProgram*  _shader = use_shader(SHADER_TEXTURE);

        // フレームバッファテクスチャ描画
        glBindFramebuffer(GL_FRAMEBUFFER, 0);
        glViewport(screen_rect.x, screen_rect.y, screen_rect.w, screen_rect.h);
        glUniformMatrix4fv(_shader-&gtprojection, 1, GL_FALSE, _projection);
        glBindTexture(GL_TEXTURE_2D, frame_buffer-&gttexture);
        glVertexAttribPointer(_shader-&gttexcoord, 2, GL_FLOAT, GL_FALSE, 0, _texcoords);
        glVertexAttribPointer(_shader-&gtposition, 2, GL_FLOAT, GL_FALSE, 0, _vertices);
        glVertexAttribPointer(_shader-&gtcolor, 4, GL_UNSIGNED_BYTE, GL_TRUE, 0, screen_color);
        glDrawArrays(GL_TRIANGLE_STRIP, 0, 4);
}